COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 8.423805 8.423805 9.226933
2021-05-12 17:00:00 8.372252 8.372252 9.283800
2021-05-11 17:00:00 7.881539 7.881539 9.354942
2021-05-10 17:00:00 11.057420 11.057420 9.567773
2021-05-09 17:00:00 9.658932 9.658932 9.865408
2021-05-08 17:00:00 9.294424 9.294424 10.046815
2021-05-07 17:00:00 10.000190 10.000190 10.296836

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 6.696764 6.696764 7.257455
2021-05-12 17:00:00 9.746589 9.746589 7.539529
2021-05-11 17:00:00 5.256154 5.256154 7.546332
2021-05-10 17:00:00 17.821782 3.508772 7.368989
2021-05-09 17:00:00 7.997794 7.997794 7.488087
2021-05-08 17:00:00 4.711752 4.711752 7.698973
2021-05-07 17:00:00 11.180833 11.180833 7.828924

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 16.485507 14.606742 16.805117
2021-05-12 17:00:00 19.212598 19.212598 17.557000
2021-05-11 17:00:00 12.965964 12.965964 17.500457
2021-05-10 17:00:00 11.428571 16.693679 16.990697
2021-05-09 17:00:00 17.457627 17.457627 16.705778
2021-05-08 17:00:00 16.093535 16.093535 17.163481
2021-05-07 17:00:00 19.077901 19.077901 17.554079

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 10.199626 10.199626 10.003927
2021-05-12 17:00:00 10.248902 10.248902 9.859851
2021-05-11 17:00:00 8.652793 8.652793 9.859697
2021-05-10 17:00:00 10.325753 10.370879 9.695758
2021-05-09 17:00:00 10.239580 10.239580 9.603190
2021-05-08 17:00:00 11.637631 11.637631 9.576038
2021-05-07 17:00:00 12.704687 8.667420 9.611006

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 7.730343 7.730343 7.900085
2021-05-12 17:00:00 7.444349 7.444349 7.949047
2021-05-11 17:00:00 9.197976 9.197976 8.078158
2021-05-10 17:00:00 16.365845 6.228945 8.042796
2021-05-09 17:00:00 8.092144 8.092144 8.220341
2021-05-08 17:00:00 7.589980 7.589980 8.399468
2021-05-07 17:00:00 9.070027 9.070027 8.653015

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 24.273370 24.273370 20.657991
2021-05-12 17:00:00 17.330609 17.330609 19.995014
2021-05-11 17:00:00 18.088060 18.088060 19.658179
2021-05-10 17:00:00 23.585378 23.585378 19.836851
2021-05-09 17:00:00 22.491349 22.491349 20.332113
2021-05-08 17:00:00 22.107125 22.107125 20.372363
2021-05-07 17:00:00 21.796797 21.796797 21.043987

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 5.058169 5.058169 4.598951
2021-05-12 17:00:00 4.120879 4.120879 4.476994
2021-05-11 17:00:00 4.464286 4.464286 4.627503
2021-05-10 17:00:00 6.859206 4.848485 4.697871
2021-05-09 17:00:00 4.551539 4.551539 4.691670
2021-05-08 17:00:00 4.497751 4.497751 4.861614
2021-05-07 17:00:00 4.240631 4.240631 5.069076

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 4.183726 4.183726 4.717124
2021-05-12 17:00:00 4.152726 4.152726 4.726780
2021-05-11 17:00:00 4.130081 4.130081 4.758109
2021-05-10 17:00:00 9.832273 4.350051 4.823750
2021-05-09 17:00:00 5.181483 5.181483 4.885118
2021-05-08 17:00:00 5.396208 5.396208 4.957011
2021-05-07 17:00:00 6.050085 6.050085 5.052604

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 5.229650 5.229650 7.023789
2021-05-12 17:00:00 7.218576 7.218576 7.173843
2021-05-11 17:00:00 6.441872 6.441872 7.312493
2021-05-10 17:00:00 6.082949 7.196779 7.342279
2021-05-09 17:00:00 7.132802 7.132802 7.586156
2021-05-08 17:00:00 9.257562 9.257562 7.772687
2021-05-07 17:00:00 6.859206 6.859206 8.096372

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 8.563892 8.563892 8.886793
2021-05-12 17:00:00 7.611665 7.611665 8.980242
2021-05-11 17:00:00 6.343584 8.583021 9.059906
2021-05-10 17:00:00 7.593123 8.602834 8.870598
2021-05-09 17:00:00 8.908895 8.908895 8.949658
2021-05-08 17:00:00 8.807339 8.807339 9.054472
2021-05-07 17:00:00 10.244016 10.244016 9.207391

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 8.720060 8.720060 9.538461
2021-05-12 17:00:00 8.839354 8.839354 9.725651
2021-05-11 17:00:00 6.687334 6.687334 9.820314
2021-05-10 17:00:00 10.654206 9.494703 9.972218
2021-05-09 17:00:00 12.007685 12.007685 10.124122
2021-05-08 17:00:00 9.577677 9.577677 10.158130
2021-05-07 17:00:00 12.519936 12.519936 10.381593

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 2.977667 2.977667 3.202117
2021-05-12 17:00:00 2.661208 5.118110 3.376850
2021-05-11 17:00:00 1.336898 1.336898 3.314771
2021-05-10 17:00:00 1.459854 0.421941 3.440590
2021-05-09 17:00:00 2.731411 2.731411 3.600206
2021-05-08 17:00:00 5.708661 5.708661 3.758314
2021-05-07 17:00:00 4.709576 4.709576 3.933566

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 5.380795 5.380795 8.908655
2021-05-12 17:00:00 38.297872 23.049645 9.010984
2021-05-11 17:00:00 5.638298 5.638298 8.725217
2021-05-10 17:00:00 1.568627 25.490196 8.957582
2021-05-09 17:00:00 13.879599 13.879599 8.888934
2021-05-08 17:00:00 6.672598 6.672598 8.711615
2021-05-07 17:00:00 7.110092 7.110092 8.429395

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 6.105991 6.105991 7.873238
2021-05-12 17:00:00 7.497360 7.497360 8.121494
2021-05-11 17:00:00 8.764940 8.764940 8.604754
2021-05-10 17:00:00 9.677419 7.292954 8.672028
2021-05-09 17:00:00 10.307414 10.307414 8.946214
2021-05-08 17:00:00 7.292954 7.292954 9.414757
2021-05-07 17:00:00 11.936340 11.936340 10.148011

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 10.736010 10.736010 10.116938
2021-05-12 17:00:00 12.717713 12.717713 10.392696
2021-05-11 17:00:00 8.982849 8.982849 10.438897
2021-05-10 17:00:00 11.902305 5.297810 10.270576
2021-05-09 17:00:00 13.665743 9.384164 10.321659
2021-05-08 17:00:00 9.951557 9.951557 10.412154
2021-05-07 17:00:00 13.170287 13.170287 10.651572

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 27.077224 27.077224 23.405398
2021-05-12 17:00:00 20.283641 20.283641 24.533786
2021-05-11 17:00:00 20.387481 20.387481 25.139365
2021-05-10 17:00:00 23.568702 8.146438 26.099653
2021-05-09 17:00:00 42.194644 42.194644 26.575229
2021-05-08 17:00:00 37.653846 37.653846 27.662445
2021-05-07 17:00:00 23.193815 23.193815 28.642713

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 2.617230 2.617230 3.983166
2021-05-12 17:00:00 4.221636 4.221636 4.167790
2021-05-11 17:00:00 3.896714 3.896714 4.250781
2021-05-10 17:00:00 3.125000 3.125000 4.196758
2021-05-09 17:00:00 2.930005 2.930005 4.236869
2021-05-08 17:00:00 5.221675 5.221675 4.330067
2021-05-07 17:00:00 5.688519 5.688519 4.554234

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 7.949901 7.949901 8.796882
2021-05-12 17:00:00 7.983691 7.983691 8.859197
2021-05-11 17:00:00 8.352018 8.352018 9.035964
2021-05-10 17:00:00 8.243527 8.243527 9.228556
2021-05-09 17:00:00 8.840372 8.840372 9.333326
2021-05-08 17:00:00 9.831331 9.831331 9.511057
2021-05-07 17:00:00 7.589679 7.589679 9.649955

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 7.654321 7.654321 7.333105
2021-05-12 17:00:00 6.667565 6.667565 7.478133
2021-05-11 17:00:00 5.254116 5.254116 7.519632
2021-05-10 17:00:00 11.646489 6.478987 7.543891
2021-05-09 17:00:00 9.648173 9.648173 7.757337
2021-05-08 17:00:00 7.319186 7.319186 7.891510
2021-05-07 17:00:00 7.477515 7.477515 8.041534

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 17.752235 12.643678 12.457062
2021-05-12 17:00:00 8.297414 8.297414 12.611252
2021-05-11 17:00:00 13.571429 13.571429 12.574274
2021-05-10 17:00:00 13.740458 12.595420 12.600410
2021-05-09 17:00:00 17.880795 17.880795 12.610041
2021-05-08 17:00:00 12.064677 12.064677 12.400478
2021-05-07 17:00:00 13.200000 13.200000 12.329155

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 19.078947 19.078947 16.439036
2021-05-12 17:00:00 14.743590 14.743590 16.217258
2021-05-11 17:00:00 9.871245 9.871245 15.928451
2021-05-10 17:00:00 35.849057 35.849057 15.830663
2021-05-09 17:00:00 3.652968 10.958904 15.952011
2021-05-08 17:00:00 16.528926 16.528926 16.623827
2021-05-07 17:00:00 23.287671 23.287671 17.041318

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-13 17:00:00 10.813309 10.813309 13.147772
2021-05-12 17:00:00 13.288410 13.288410 13.587670
2021-05-11 17:00:00 13.318429 13.318429 14.119162
2021-05-10 17:00:00 10.497238 10.497238 14.109416
2021-05-09 17:00:00 15.594295 15.594295 14.256048
2021-05-08 17:00:00 13.765701 13.765701 14.710038
2021-05-07 17:00:00 12.075254 12.075254 15.137312

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.696764 6.696764 7.257455
Basilicata 16.485507 14.606742 16.805117
Calabria 10.199626 10.199626 10.003927
Campania 7.730343 7.730343 7.900085
Emilia-Romagna 24.273370 24.273370 20.657991
Friuli Venezia Giulia 5.058169 5.058169 4.598951
Lazio 4.183726 4.183726 4.717124
Liguria 5.229650 5.229650 7.023789
Lombardia 8.563892 8.563892 8.886793
Marche 8.720060 8.720060 9.538461
Molise 2.977667 2.977667 3.202117
P.A. Bolzano 5.380795 5.380795 8.908655
P.A. Trento 6.105991 6.105991 7.873238
Piemonte 10.736010 10.736010 10.116938
Puglia 27.077224 27.077224 23.405398
Sardegna 2.617230 2.617230 3.983166
Sicilia 7.949901 7.949901 8.796882
Toscana 7.654321 7.654321 7.333105
Umbria 17.752235 12.643678 12.457062
Valle d'Aosta 19.078947 19.078947 16.439036
Veneto 10.813309 10.813309 13.147772

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Thu May 13 17:48:40 2021 revision 291, 108804fb